在附近採集一日而返開始。其後Robert Swinhoe於1856-1861年間三度來台，其採集雖以動物為主，但所採集植物亦不少，曾於1863年發表「台灣植物目錄」(List of Plantsof the Island of Formosa)，記錄了246種。直到1892年，英人Augustine Henry來台停留較長的時間，進行較全面的調查，才對台灣植物的種類和特有者有初步的了解。Henry於1896年發表「台灣植物目錄(A List of Plants from Formosa)」，文中共列出顯花植物628屬、1,288種，為本島植物研究史上相當重要的奠基文獻。異葉石龍尾(Limnophila heterophylla)與長柄石龍尾(Limnophila stipitata)(被記載為L. sessiliflora)在臺灣亦首次由Henry在屏東縣萬金庄所獲。[註: 由於Henry氏係於萬金庄顧人在附近或遠距離採集，故所得標本不一定產於萬金庄。]
　　1895年日人佔領台灣以後，即著手進行全島植物調查事宜。第一階段研究重心在東京帝國大學。最初研究工作由松村任三負責，早田文藏繼其後從事研究，並於1903年來台採集。1906年松村及早田二氏合著「台灣植物誌（Enumeratio Plantarum Formosanarum）」。台灣總督府並設立植物調查科，由殖產局技師川上瀧彌負責，在全島進行大量的採集調查，然而大部份的標本（包括模式標本）均送回日本收藏。早田氏亦於此時攜帶無法鑑定的標本前往英國Kew Gardens之標本館進行比較研究，將所得之成果，於1911年發表了「台灣植物資料（Materials for a Flora of Formosa）」。而早田氏並且自1911-1921年陸續發表了「台灣植物圖譜（Icones Plantarum Formosanarum）」。著名的臺灣萍蓬草、臺灣水蕹與桃園草等植物亦皆於此時期發表。
　　自金平亮三接掌台灣總督府中央研究所林業部標本館（即現今林業試驗所臘葉標本館）之後，台灣植物研究的重心乃逐漸由東京移至台北。1925-1932年，山本由松陸續發表了「續台灣植物圖譜（Supplementa Iconum Plantarum Formosanarum）」5卷，繼承早田氏的台灣植物研究工作。1928年，佐佐木舜一編著了「台灣植物名彙」，記錄了台灣維管束植物185科、1,121屬、3,265種，並附有台灣本地之俗名。其著作中已大致上羅列臺灣目前已知的大多數水生植物種類。
　　台北帝國大學於1928年4月成立後，植物調查工作轉交由工藤祐舜主持的植物分類生態學室繼續進行，並建立臘葉標本館（即今台灣大學植物系標本館），後由正宗嚴敬及山本由松繼任，至1936年，正宗氏主編之「最新台灣植物總目錄」出版，係當時所有台灣維管束植物的總覽。此時，除了植物種類數目的調查研究工作持續進行外，研究方向已逐漸偏重於草本植物的專論性及訂正性的研究，如菊科由北村四郎，莎草科、禾本科由大井次三郎等負責。
　　在日據時代有關臺灣的植物學研究中，水生植物的部份並沒有成為單獨的研究領域。不過當時的日本學者卻累積了不少水生植物的標本紀錄。由標本紀錄來看，當時位於臺北文山郡的七星山、內湖、新店、新竹州桃園郡的南崁、八塊庄、埔心至楊梅一帶都是水生植物產量豐富的區域。
　　1945年後，臺灣的植物資源調查工作則由中國大陸來台學者接手，如蔣英、傅書遐、林渭訪、李惠林等。李惠林曾於1950發表臺灣的玄參科植物整理，並包含大多數的水生屬於其著作中。其後劉棠瑞教授門下的黃增泉教授、許建昌博