另一項值得憂慮的問題是外來水生植物的引入與歸化問題，布袋蓮在臺灣所造成的生態為害情況即是一例。另外，原產南美的人厭槐葉蘋的歸化及危害潛力也開始受到注意。事實上，在臺灣曾進口過的約二百種水生觀賞植物(不含觀花性睡蓮科植物)中，已逸出野外成歸化狀態的約有三十五種之多，例如原產泰國，自歐洲引進的的繖花水蓑衣(Hygrophila corymbosa)、水蘊草(Egeria densa)、來源不明的大苦草(Vallisneria gigantea)、原產南美的多種齒果澤瀉(Echinodorus)、原產墨西哥後引自歐洲的光冠水菊(Gymnocoronis spilanthoides)、引自丹麥的水禾(Hygroryza aristata)，以及已相當泛濫的穗蓴(Cabomba)(照48)與粉綠狐尾藻(Myriophyllum aquaticum)，在臺灣某些地區皆已相當棘手且改變水域的植群結構與食物鏈組成。外來水生植物遠較外來陸生植物更難以對付的原因在於：(1) 水生植物多可行無性繁殖，只要有合適的環境與植物片段就可生長成群；(2) 水生植物在水域中的區塊消長波動極大，再加上某些植物化學競生作用，外來種可輕易在本土植物休眠或被清除的空窗期侵入本土水生植物原所佔有的生態棲位(niche)；(3) 水生植物的天敵極少，尤其是植食性昆蟲。部份挺水植物雖有昆蟲啃食，但對其族群的影響極為有限。沉水植物僅有非常少的植食性昆蟲取食，如水螟蛾亞科(Nymphulinae)。然而目前為止在臺灣的外來沉水植物上，並未有任何的水螟蛾幼蟲被發現，可見本土生物尚無法運用這些植物成為其食物資源。外來水生植物對本土生態與農業灌溉系統的危害已在世界各地被報導。除了眾所皆知的布袋蓮與人厭槐葉萍以外，美國與澳洲每年花費在外來水生植物控制的經費上已十分可觀，但不論是生物防治或物理防治，似乎仍然無法憾動部份強勢種類在水域中的擴展。
　　在台灣，這些外來水生植物的歸化主要有三個來源：一是一般消費者隨手丟棄的植株片斷；二是來自水草繁殖場逸出的植株或果實。以上兩種原因所造成的影響尚不嚴重，最嚴重的破壞行為是來自某些水草愛好者，他們刻意將外來種放流於原本生長著臺灣原生水生植物的溪流或池塘，以便大量繁殖後可在不需成本的情況下銷售營利甚至攫取媒體的注意。目前這類情況以宜蘭縣員山鄉、臺中縣新社鄉以及花蓮的玉里鎮最為嚴重。外來種的引入將造成本土水生植物族群結構的改變，甚至在原本已不易生存的環境中增加了環境壓力，此種刻意在野外引入外來種的行為實應受到譴責。另一個令人憂慮的問題則是外來種的來源與身份認定問題。目前流通於市面上的多數水生植物是在80年代以後大量自丹麥或其它國家從多方管道進口的水草。這些水草的原產地絕大部份在亞洲，其中並不乏亦原生於臺灣的種類。然而這些經過歐洲水草栽培場大量無性繁殖或篩選後的個體再度被引入回亞洲，並逸出至野外，便將形成難以評估的基因庫污染問題。目前在臺灣已可見到的例子有：無柄花石龍尾的臺灣原產族群(分布於東北部)以及歸化於各地的無柄花石龍尾進口品系(原產自斯里蘭卡，於丹麥馴化)；圓葉節節菜的原產族群(分布全臺灣各地)以及進口的品系(商品名為新小園葉，原產地不明，由丹麥與日本分別引進)。
　　目前在臺灣的水生植物保育上，除了上述的棲地破壞與外來種引入外，尚有兩個問題值得重視。第一，就生物多樣性公約的精神來檢視，任何國家的本土生物資源皆應予保護，尤其是生物產業與生物基因庫將成為未來的國家競爭力時，