本土生物種源庫的保護尤為重要。然而在過去的十年間，臺灣已經數種具有高觀賞價值的水生植物，如杉葉節節菜、南仁山的瓦氏節節菜以及俗稱"宮廷草"的圓葉節節菜(沉水葉對生且呈綠白色的族群)，由臺灣的水草業者無條件地贈送給歐洲的水草公司。然而這些物種在立刻成為該公司的專賣商品，就商業利益的損失來說不可謂不大，也是臺灣生物資源的損失。究竟瀕危物種是否可以人工商業性繁殖達成保育的目的？一直是具有爭議性的問題。然而在臺灣原產的水生植物中，已有不少的種類因具有觀賞性而在近五年內大量商品化，例如瓦氏節節菜、印度節節菜、杉葉節節菜、日本簀藻、卵葉水丁香、水虎尾、擬紫蘇草及三白草等等。商品化固然可為植物的個體或保存部份基因庫找到出路，但是臺灣整體的水域環境劣化與消失卻不是商品化的植物栽培與增殖能夠替代或復原的。第二，在物種保育的策略上，部份論述似乎認為個體增殖或推廣為園藝性或教學性栽培有助於分散物種絕滅的風險，然而棲地環境的整體保護似乎較個體增殖更為重要。以臺灣萍蓬草來說，在桃園龍潭地區的萍蓬草皆有一種水生的金花蟲(Donacia sp.)伴生。該種昆蟲之幼蟲利用萍蓬草的根部與葉片，成蟲並為授粉媒，然而這種對萍蓬草非常專一的水生昆蟲在臺灣萍蓬草的其它移植地點並未發現，可見移植單一的物種並無法完全複製消失中的生態體系。棲地保護對水生植物來說似乎比較起其它分布於中高海拔的國家公園與保護區的植物來得困難，原因不外乎土地利用的壓力龐大以及土地所有權多屬私人所有。此外，在農業政策的轉型後，傳統的灌溉用池沼與溝渠也可能隨之為所有人所棄置或變更土地利用，使棲地保護益形不易。
　　可喜的現象則是水生植物的生育地保育，雖然在過去的濕地研究中並不被重視，然而近年來桃園、新竹與宜蘭地區的池沼已漸漸受到民間保育團體的重視，此外在中南部，伴隨著特定水鳥的復育計畫以及生態工法的實施，池沼性棲地的重建與技術亦已受到相當的重視(見參考文獻之[水生植物於環境與農業科學之應用]部份)。目前可供「示範性」參考的人工池沼復育計畫可見福山植物園(照49)、中央研究院的水生植物池、臺北市立動物園的臺灣水生植物池試驗區以及特有生物中心教育中心的水生植物區。
　　近年來有部份單位與個人認為引入物種增殖個體即可稱為「保育成效」，部份的物種如水禾、水鱉、印度莕菜、芡實已被認為在臺灣絕滅或瀕臨絕滅，然而自國外引入相同物種(不同族群)流放至天然水域增殖是否可稱為「復育」實有待商榷與檢討。部份單位將雙連埤產菱誤認為日月潭的鬼菱，而將之由宜蘭引入南投「復育」，恐怕將造成天然分布上的混亂。甚至有單位將太平洋地區著名的水生害草「光冠水菊」誤為「本土罕見植物」加以推廣，恐將在臺灣水域造成如蔓澤蘭般的災情。此外，欲以族群間雜交干擾無性繁殖所產生的天然不稔性，似乎亦無此必要。我們認為有必要在此提出澄清與呼籲，任何物種或棲地的復育計畫應有詳細完整的資訊來源與嚴密的論述思慮，以免造成日後更大的困擾。而水生植物的研究與保育，則有賴學術單位、行政單位、教育單位與民間團體及個人更密切的信賴與合作。