淡水或鹹水植物。葉基生或莖生，互、對或輪生，線形，披針形，橢圓形或心形，無或具柄；葉柄常具鞘，具2至多數腋生鱗片。花輻射對稱，單性雌雄異株或兩性，包在佛焰苞內或兩苞片內；萼片3，綠色；花瓣3片，偶為2，或缺；雄蕊3至多枚；子房下位。果實線形或卵形，不規則裂開；種子多數。
　　本科植物無論就葉形、葉的排列或生長方式、花瓣和花萼的形狀大小、雄蕊及心皮的數目及授粉機制等形質變化很大。本科是否為一個單起源的科爭論已久。部份作者將水鱉科下分為水鱉亞科(Hydrocharitoideae)、泰來藻亞科(Thalassioideae)、苦草亞科(Vallisnerioideae)、水兵草亞科(Stratiotoideae)、水篩亞科(Blyxoideae)、小水蘊亞科(Elodeoideae)、海菖蒲亞科(Enhaloideae)、鹽藻亞科(Halophiloideae)與黑藻亞科(Hydrilloideae)，或甚至各自獨立成科。Tanaka et al. (1997)根據rbcL及matK兩個序列分析認為水鱉科並非單起源群，廣義的水鱉科應包含茨藻科(Najadaceae)，並與澤瀉與黃花藺科形成姐妹群，而海產種類為單獨的支系。但Soros et al. (2000)以相同的序列分析其親緣關係卻得到「水鱉科仍為單系群」的結論。因此本書暫不對水鱉科的起源多作討論。
　　世界上有15(或20)屬約80-100種，分佈於溫帶和熱帶。臺灣原生者至少有7屬11種，包含若干外來種。全科(圖58)的種類皆為水生，其中的泰來藻屬(Thalassia)、鹽藻屬(Halophila)與海菖蒲屬(Enhalus)為海水生。前2屬在臺灣可見。臺灣的另外5屬為簀藻屬(Blyxa)、水王孫屬(Hydrilla)、水鱉屬(Hydrocharis)、水車前屬(Ottelia)、大苦草屬(Vallisneria)及水蘊草屬(Egeria)，最後者自北美洲引進。