Tomlinson & Posluzny (2001)在對甘藻科屬級界限進行研究後，認為甘藻科中有4個主要類群，除原來的甘藻屬與海蝦草屬(Phyllospadix)外，將擬甘藻亞屬(Zosterella)提升至屬級，並成立新屬--矮甘藻屬(Nanozostera)。因此，臺灣產的甘藻學名被重新組合為Nanozostera japonica (Asch.＆Graebn.) Toml.＆ Posl.。但鑑於此新屬之花果形態與Zostera並無顯著差異，在本文中仍暫採用Zostera作為本種的屬名。