較進化之薄囊蕨類，大致可以分成五群，（一）與莎草蕨科關係較近的田字草科、鳳尾蕨科、書帶蕨科；（二）與裏白科相關的水龍骨科、禾葉蕨科、雙扇蕨科、燕尾蕨科；（三）與桫欏科及蚌殼蕨科有關的碗蕨科、稀子蕨科；（四）演化程度較高的烏毛蕨科、鐵角蕨科、金星蕨科、蘿蔓藤蕨科、鱗毛蕨科（含蹄蓋蕨、三叉蕨）、腎蕨科、蓧蕨科、骨碎補科；（五）親緣關係不明的滿江紅科和槐葉蘋科（圖一）。
三、臺灣蕨類植物之分類架構
第一版的台灣植物誌（Li et al, 1975）將薄囊蕨分成 20科（表四），其「科」的範圍大約介在秦仁昌及歐洲系兩大型式之間，第二版（Huang, 1994）亦延續此一見解。Kuo (1985) 的架構（表五）則是以 Tryon et Tryon(1982) 所發表的為主幹，其係以全世界之角度著眼，所以「科」的包容性較大，又 Tryon 主要是處理美洲的蕨類，對於亞洲的一些蕨類並不很適用，因此融合秦仁昌的見解，以及1928~1985年間一些文獻的看法，做了部份修正。此外，對過去以松葉蕨的基本構造和雷尼蕨相似，據以認為松葉蕨是最原始之現生蕨類，然而最近的研究資料認為，松葉蕨和真蕨類中的Stromatopteridaceae 、裏白科、莎草蕨科有關（Bierhorst, 1969），目前蕨類學家傾向將松葉蕨置於真蕨類中，而其它擬蕨類和真蕨類並未有關係，因此在臺灣蕨類植物之架構上，將松葉蕨置於擬蕨類的最後。
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